المرحلة اﻻولى/تشير الروايات الى وجود الحركة العلمية الدينية للشيعة في النجف ومنذ القرن الرابع الهجري على اقل تقدير.
ولعل هذا الوجود هو الذي دعا الشيخ الطوسي أن يختار النجف اﻻشرف دار هجرته عندما خرج من بغداد إثر حوادث السلاجقة في تتبع الشيعة فيها بالتنكيل والتقتيل.
وﻻن الشيخ الطوسي كان مرجع الشيعة العام في بغداد بعد وفاة استاذه الشريف المرتضى انتقل مركز المرجعية معه من بغداد الى النجف وحل أرض النجف المقدسة طلابه ومريدو فضله.
فألف الشيخ الطوسي من هؤلاء المركز العلمي للشيعة اﻹمامية وراح يعد تلامذته إعدادآ خاصآ ليعوض عما فقدته الشيعة من عدوان السلاجقة  عليهم...فقد ذكر أن عدد الفقهاء المجتهدون الذين تخرجوا في مجلس درسه تجاوز الثلاثمائة مجتهد.
وعندما توفي الشيخ الطوسي سنة 460هج تولى المرجعية وزعامة الحركة العلمية في النجف من بعده ولده ابو علي الحسن بن محمد الطوسي الملقب ب ( المفيد الثاني) والمتوفى سنة 515هج.
المرحلة الثانية/وازدهرت النجف ثانيآ بعد هبوط الشيخ المحقق الكركي إليها وتسلمه  زمام المرجعية العامة لﻻمامية فيها وتسنمه منبر الدرس اﻻعلى في وسطها العلمي وذلك لما كان يتمتع به من تفوق علمي وعقلية قيادية واعية.
والكركي هو :نور الدين أبو الحسن علي بن الحسين بن عبد العالي العاملي الكركي الملقب بالمحقق الثاني المتوفى سنة 940هج.
سار الشيخ الكركي في مرجعيته العامة وزعامته للطائفة سيرة الشهيد اﻻول فقد كان يقول بوﻻية الفقيه وأدار في هديها وبحكم نيابته عن اﻻمام المهدي شؤون الدولة الصفوية وكانت آنذاك بزعامة الشاه طهماسب الصفوي حيث جعل امور المملكة بيد الشيخ.
وللشيخ الكركي مؤلفات كثيرة اهمها جامع المقاصد وهو من امهات الكتب والمراجع في الفقه اﻻستدﻻلي.
المرحلة الثالثة/بعد وفاة الوحيد البهبهاني سنة 1208هج الذي كان المرجع الديني اﻻعلى للامامية انتقلت المرجعية إلى النجف اﻻشرف وتسنم منصبها تلميذه السيد محمد مهدي بحر العلوم .
هاجر الى النجف الاشرف عام 1169 هج وتلمذ فيها على جماعة من أعلام علمائها أمثال الشيخ الفتوني العاملي والشيخ محمد تقي الدورقي ثم رجع الى كربلاء وتلمذ فيها على فقيه  عصره اﻵقا محمد باقر الشهير ب (الوحيد البهبهاني) ثم عاد الى النجف الاشرف ثانية وشغل منصب الزعامة العامة وكان له كرسي التدريس المطلق متفردآ وحده إكبارآ واحترامآ لشخصيته العلمية العالية من قبل اعلام معاصرية.
وقد عدت ايامه من أسخى اﻻيام عطاء وأوفرها إنتاجآ وأكثرها انطﻵقآ وذلك لما كان يتمتع به من شخصية كبيرة جمعت جوانب السمو من مختلف أطرافها :علمآ وأدبآ وحكمة وزعامة ولما ضم عصره من أبطال العلم واﻻدب الذين شاركوه في تلك النهضة الفكرية التي أعادت لجامعة النجف مركزها العلمي  ومكانتها المنظورة.
وقد خلف سبدنا بحر العلوم وفرة من المؤلفات اهمها :المصابيح في الفقه وهو من امهات مراجع الفقه المعتبرة.
توفي قدس سره في النجف سنة 1212 هج ودفن في مقبرته المعروفة باسمه.